ქობულეთის წმინდა კირიონ მეორის სახელობის მართლმადიდებლური სკოლა-გიმნაზია 2008-2009 სასწავლო წელს დაარსდა, როგორც ბათუმის წმიდა ანდრია პირველწოდებულის სახელობის სკოლის ფილიალი. 2009 წელს შემუშავებული წესდების თანახმად ორგანიზაციის შემადგენლობაში შედიოდა გიმნაზია, საბავშვო ბაღი და საერთაშორისო საზაფხულო ახალგაზრდული  ბანაკი „სამშობლო“.

ადგილს კი, სადაც ჩვენი სკოლა-გიმნაზია მდებარეობს დიდი ისტორია აქვს . გადმოცემის თანახმად, მეფის რუსეთის დროს შავ ზღვაში გემი იძირებოდა, შეშინებულმა მეზღვაურებმა მფარველობა წმინდა ნიკოლოზს სთხოვეს, რომელიც ცნობილია, როგორც მეზღვაურთა შემწე და მფარველი. გემი დაღუპვას სასწაულებრივად გადაურჩა, ხოლო იმ ადგილას, სადაც გემი გამოირიყა, მადლიერების ნიშნად ააგეს წმინდა ნიკოლოზის სახელობის ეკლესია, რომელიც გადმოცემის მიხედვით დაბურული იყო ლითონის სახურავით, იგი ღამით მთვარის შუქს ირეკლავდა და გემებისთვის შუქურის ფუნქციასაც ასრულებდა. ეს ტაძარი იყო მანათობელი და იმედის მიმცემი აბობოქრებულ ზღვაში მყოფი მეზღვაურებისთვის, ხოლო სიმბოლურად კი ადამიანთა მეგზური სამოთხისკენ სავალ გზაზე

. დღეს ჩვენი სკოლა-გიმნაზიის ეზოში მხოლოდ წმინდა ნიკოლოზის ტაძრის საძირკველია შემორჩენილი, ხოლო უფლის მიერ კურთხეულ ამ მიწაზე 2006 წელს აშენდა წმინდა კირიონის სახელობის ტაძარი.

საწყის ეტაპზე სკოლა-გიმნაზიაში გაიხსნა დაწყებითი საფეხური: მათ შორის ორი პირველი კლასი, დანარჩენი თითო-თითო. დღეისთვის სწავლება მიმდინარეობს დაწყებით, საბაზო და საშუალო საფეხურზეც. 2008-2009 სასწავლო წელს ცენტრის დირექტორი იყო დეკანოზი სერგი რუხაძე, 2009-2016 წელს დეკანოზი კირიონ ფერაძე, ხოლო 2017 სასწავლო წლიდან  დღემდე დეკანოზი გაბრიელ ჟღენტი ხელმძღვანელობს. სკოლა-გიმნაზიის მოძღვარი გახლავთ დეკანოზი მიქაელ (მამუკა) სილამანიძე.

2012 წელს სკოლა-გიმნაზიის მთავარ კორპუსზე მიშენებული იქნა ახალი კორპუსი. ამჟამად შენობის საერთო ფართი შეადგენს 3378,6 კვ.მ-ია.

დაარსების დღიდან სკოლა-გიმნაზიაში ეწყობა სხვადასხვა ღონისძიებები. განსაკუთრებით შთამბეჭდავია მოსწავლეთა და მასწავლებელთა ყოველწლიური მსვლელობა  „ალილოზე“. სკოლა-გიმნაზიის მოსწავლეები იღებენ მონაწილეობას და აღწევენ წარმატებებს სასკოლო და სარაიონო საგნობრივ ოლიმპიადებსა თუ სპორტულ შეჯიბრებებში. ყოველწლიურად  ჩვენი სკოლა-გიმნაზია მონაწილეობს კონკურსში  „ჩვენ ვსწავლობთ ბიბლიას“. ამავდროულად ვაჟთა ფოლკლორული გუნდი  „ელესა“ და სკოლა-გიმნაზიის მგალობელთა გუნდი გახდა არაერთი კონკურსის ლაურეატი. დაჯილდოებული არიან შესაბამისი დიპლომებითა და მედლით.

მშობელთა და მოსწავლეთა აზრი სკოლა-გიმნაზიის მუშაობის ხარისხის განმსაზღვრელი კრიტერიუმია. სკოლა-გიმნაზიას აქვს სასწავლო პროცესის წარმართვისთვის ყველა საჭირო რესურსი, ამიტომ იგი ცდილობს შექმნას ისეთი დინამიური გარემო, რომელშიც  მოსწავლეები ცოდნას შეიძენენ და სამყაროში დღეს არსებული გამოწვევებისთვის მოემზადებიან. მთავარი პრიორიტეტი კი ისაა, რომ სკოლა-გიმნაზია, არამარტო ბავშვის განათლებაზე, არამედ მათ სულიერ განვითარებაზეც ზრუნავს.